{ "cells": [ { "cell_type": "markdown", "id": "accurate-breakdown", "metadata": {}, "source": [ "# GWAS Tutorial" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "written-product", "metadata": {}, "source": [ "This notebook is an [sgkit](https://sgkit-dev.github.io/sgkit) port of Hail's [GWAS Tutorial](https://nbviewer.jupyter.org/github/tomwhite/sgkit/blob/86753e814c6d56982b6950ec3de727f3b1bfad7d/docs/examples/01-genome-wide-association-study.ipynb), which demonstrates how to run a genome-wide SNP association test. Readers are encouraged to read the Hail tutorial alongside this one for more background, and to see the motivation behind some of the steps.\n", "\n", "_Note that some of the results do not exactly match the output from Hail. Also, since sgkit is still a 0.x release, its API is still subject to non-backwards compatible changes._" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 1, "id": "valid-pride", "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "import sgkit as sg\n", "from sgkit.io.vcf import vcf_to_zarr" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "scheduled-spelling", "metadata": {}, "source": [ "Before using sgkit, we import some standard Python libraries and set the Xarray display options to not show all the attributes in a dataset by default." ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 2, "id": "compound-activity", "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "import numpy as np\n", "import pandas as pd\n", "import xarray as xr\n", "xr.set_options(display_expand_attrs=False, display_expand_data_vars=True);" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "color-trinity", "metadata": {}, "source": [ "## Download public 1000 Genomes data" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "useful-imperial", "metadata": {}, "source": [ "We use the same small (20MB) portion of the public 1000 Genomes data that Hail uses.\n", "\n", "First, download the file locally:" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 3, "id": "taken-banana", "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "from pathlib import Path\n", "import requests\n", "\n", "if not Path(\"1kg.vcf.bgz\").exists():\n", " response = requests.get(\"https://storage.googleapis.com/sgkit-gwas-tutorial/1kg.vcf.bgz\")\n", " with open(\"1kg.vcf.bgz\", \"wb\") as f:\n", " f.write(response.content)" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "headed-restoration", "metadata": {}, "source": [ "## Importing data from VCF" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "elementary-college", "metadata": {}, "source": [ "Next, [convert it to Zarr](https://sgkit-dev.github.io/sgkit/latest/user_guide.html#converting-genetic-data-to-zarr), stored on the local filesystem in a directory called _1kg.zarr_." ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 4, "id": "composed-injury", "metadata": {}, "outputs": [ { "name": "stderr", "output_type": "stream", "text": [ "[W::bcf_hdr_check_sanity] PL should be declared as Number=G\n" ] } ], "source": [ "vcf_to_zarr(\"1kg.vcf.bgz\", \"1kg.zarr\", max_alt_alleles=1,\n", " fields=[\"FORMAT/GT\", \"FORMAT/DP\", \"FORMAT/GQ\", \"FORMAT/AD\"],\n", " field_defs={\"FORMAT/AD\": {\"Number\": \"R\"}})" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "plastic-running", "metadata": {}, "source": [ "We passed a few arguments to the `vcf_to_zarr` conversion function, so it only converts the first alternate allele (`max_alt_alleles=1`), and to load extra VCF fields we are interested in (`GT`, `DP`, `GQ`, and `AD`). Also, `AD` needed defining as having a `Number` definition of `R` (one value for each allele, including the reference), since the dataset we are using defines it as `.` which means \"unknown\".\n", "\n", "Now the data has been written as Zarr, all downstream operations on will be much faster. Note that sgkit uses an [Xarray](http://xarray.pydata.org/en/stable/) dataset to represent the VCF data, where Hail uses MatrixTable." ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 5, "id": "blind-sunset", "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ "ds = sg.load_dataset(\"1kg.zarr\")" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "imperial-california", "metadata": {}, "source": [ "## Getting to know our data" ] }, { "cell_type": "markdown", "id": "otherwise-constant", "metadata": {}, "source": [ "To start with we'll look at some summary data from the dataset.\n", "\n", "The simplest thing is to look at the dimensions and data variables in the Xarray dataset." ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 6, "id": "hundred-manitoba", "metadata": {}, "outputs": [ { "data": { "text/html": [ "
<xarray.Dataset>\n", "Dimensions: (variants: 10879, samples: 284, alleles: 2,\n", " ploidy: 2, contigs: 84, filters: 1)\n", "Dimensions without coordinates: variants, samples, alleles, ploidy, contigs,\n", " filters\n", "Data variables: (12/17)\n", " call_AD (variants, samples, alleles) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_DP (variants, samples) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " call_GQ (variants, samples) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype (variants, samples, ploidy) int8 dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype_mask (variants, samples, ploidy) bool dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype_phased (variants, samples) bool dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " ... ...\n", " variant_contig (variants) int8 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_filter (variants, filters) bool dask.array<chunksize=(10000, 1), meta=np.ndarray>\n", " variant_id (variants) object dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_id_mask (variants) bool dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_position (variants) int32 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_quality (variants) float32 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", "Attributes: (7)
samples | \n", "HG00096 | \n", "HG00099 | \n", "... | \n", "NA21133 | \n", "NA21143 | \n", "
---|---|---|---|---|---|
variants | \n", "\n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " |
(1, 904165, .) | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "... | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "
(1, 909917, .) | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "... | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "
(1, 986963, .) | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "... | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "
(1, 1563691, .) | \n", "./. | \n", "0/0 | \n", "... | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "
(1, 1707740, .) | \n", "0/1 | \n", "0/1 | \n", "... | \n", "0/1 | \n", "0/0 | \n", "
... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "
(X, 152660491, .) | \n", "./. | \n", "0/0 | \n", "... | \n", "1/1 | \n", "0/0 | \n", "
(X, 153031688, .) | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "... | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "
(X, 153674876, .) | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "... | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "
(X, 153706320, .) | \n", "./. | \n", "0/0 | \n", "... | \n", "0/0 | \n", "0/0 | \n", "
(X, 154087368, .) | \n", "0/0 | \n", "1/1 | \n", "... | \n", "1/1 | \n", "1/1 | \n", "
10879 rows x 284 columns
\n", " | \n", " | \n", " | variant_allele | \n", "
---|---|---|---|
variant_contig_name | \n", "variant_position | \n", "variant_id | \n", "\n", " |
1 | \n", "904165 | \n", ". | \n", "[G, A] | \n", "
909917 | \n", ". | \n", "[G, A] | \n", "|
986963 | \n", ". | \n", "[C, T] | \n", "|
1563691 | \n", ". | \n", "[T, G] | \n", "|
1707740 | \n", ". | \n", "[T, G] | \n", "
\n", " | Population | \n", "SuperPopulation | \n", "isFemale | \n", "PurpleHair | \n", "CaffeineConsumption | \n", "
---|---|---|---|---|---|
Sample | \n", "\n", " | \n", " | \n", " | \n", " | \n", " |
HG00096 | \n", "GBR | \n", "EUR | \n", "False | \n", "False | \n", "4 | \n", "
HG00097 | \n", "GBR | \n", "EUR | \n", "True | \n", "True | \n", "4 | \n", "
HG00098 | \n", "GBR | \n", "EUR | \n", "False | \n", "False | \n", "5 | \n", "
HG00099 | \n", "GBR | \n", "EUR | \n", "True | \n", "False | \n", "4 | \n", "
HG00100 | \n", "GBR | \n", "EUR | \n", "True | \n", "False | \n", "5 | \n", "
... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "
NA21137 | \n", "GIH | \n", "SAS | \n", "True | \n", "False | \n", "1 | \n", "
NA21141 | \n", "GIH | \n", "SAS | \n", "True | \n", "True | \n", "2 | \n", "
NA21142 | \n", "GIH | \n", "SAS | \n", "True | \n", "True | \n", "2 | \n", "
NA21143 | \n", "GIH | \n", "SAS | \n", "True | \n", "True | \n", "5 | \n", "
NA21144 | \n", "GIH | \n", "SAS | \n", "True | \n", "False | \n", "3 | \n", "
3500 rows × 5 columns
\n", "<xarray.Dataset>\n", "Dimensions: (alleles: 2, ploidy: 2, samples: 284, variants: 10879)\n", "Dimensions without coordinates: alleles, ploidy, samples, variants\n", "Data variables: (12/17)\n", " call_AD (variants, samples, alleles) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_DP (variants, samples) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " call_GQ (variants, samples) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype (variants, samples, ploidy) int8 dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype_mask (variants, samples, ploidy) bool dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype_phased (variants, samples) bool dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " ... ...\n", " variant_contig_name (variants) <U2 '1' '1' '1' '1' '1' ... 'X' 'X' 'X' 'X'\n", " Population (samples) object 'GBR' 'GBR' 'GBR' ... 'GIH' 'GIH'\n", " SuperPopulation (samples) object 'EUR' 'EUR' 'EUR' ... 'SAS' 'SAS'\n", " isFemale (samples) bool False True False ... False False True\n", " PurpleHair (samples) bool False False False ... False True True\n", " CaffeineConsumption (samples) int64 4 4 4 3 6 2 4 2 1 ... 5 6 4 6 4 6 5 5\n", "Attributes: (1)
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
array(['1', '1', '1', ..., 'X', 'X', 'X'], dtype='<U2')
array(['GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN', 'GBR',\n", " 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'PUR', 'CDX', 'CDX', 'PUR',\n", " 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM',\n", " 'GBR', 'CLM', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'IBS', 'PEL', 'IBS',\n", " 'IBS', 'IBS', 'IBS', 'IBS', 'GBR', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'CDX', 'CDX', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'ACB', 'PEL',\n", " 'PEL', 'PEL', 'PEL', 'ACB', 'KHV', 'ACB', 'KHV', 'KHV', 'KHV',\n", " 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'IBS', 'IBS', 'IBS',\n", " 'CDX', 'PEL', 'PEL', 'ACB', 'PEL', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'ACB', 'GWD', 'GWD', 'ACB',\n", " 'ACB', 'KHV', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'GWD', 'PJL', 'GWD', 'PJL',\n", " 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'PJL', 'GWD',\n", " 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'BEB', 'GWD',\n", " 'MSL', 'MSL', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL', 'PJL', 'GWD', 'GWD',\n", " 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'MSL', 'MSL',\n", " 'MSL', 'PJL', 'PJL', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'BEB', 'BEB', 'BEB',\n", " 'PJL', 'STU', 'STU', 'STU', 'ITU', 'STU', 'STU', 'BEB', 'BEB',\n", " 'BEB', 'STU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'STU', 'ITU', 'ITU',\n", " 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'ITU', 'STU', 'STU',\n", " 'ITU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU',\n", " 'CEU', 'CEU', 'YRI', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB',\n", " 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI',\n", " 'YRI', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT',\n", " 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'LWK',\n", " 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK',\n", " 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL',\n", " 'MXL', 'ASW', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'ASW', 'ASW',\n", " 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI',\n", " 'TSI', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH',\n", " 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH'], dtype=object)
array(['EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AMR', 'EAS', 'EAS', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'EUR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS'], dtype=object)
array([False, True, False, True, False, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, False, False, False, False,\n", " True, False, False, True, False, True, False, False, False,\n", " True, True, True, False, True, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, False, True, False, True, True,\n", " False, True, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, True, False,\n", " False, False, True, True, True, False, False, False, False,\n", " False, False, False, False, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, False, True, False,\n", " True, True, False, False, True, False, False, False, False,\n", " True, True, True, True, False, True, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, True,\n", " True, True, True, True, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, False, True, True, False, True,\n", " False, True, False, True, True, False, False, False, False,\n", " True, False, True, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, False, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, False, True, False,\n", " False, True, False, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, False, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, False, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, True, False, False, True, True, False, False, False,\n", " True, False, True, True, True, False, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, True])
array([False, False, False, False, False, True, True, False, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, False, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, False, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, False, False,\n", " False, False, True, False, True, True, True, False, True,\n", " False, True, False, False, False, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, False, True, False, False,\n", " False, False, False, True, True, False, False, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, True, True,\n", " True, True, True, True, False, False, False, True, False,\n", " True, True, False, False, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, True, True, True, True, True, True,\n", " False, True, False, False, False, True, True, False, False,\n", " True, True, True, True, True, False, False, True, True,\n", " False, False, False, False, False, True, False, False, False,\n", " False, True, False, False, False, False, False, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, False, True, True, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, True,\n", " False, True, True, False, True, True, False, False, True,\n", " False, True, True, True, False, False, False, False, False,\n", " False, True, False, False, False, True, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, False, True, False, True, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, False, False, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, False, True, False, False, True,\n", " True, True, False, True, True])
array([4, 4, 4, 3, 6, 2, 4, 2, 1, 2, 0, 5, 4, 5, 4, 3, 6, 5, 5, 7, 5, 5,\n", " 7, 5, 1, 5, 5, 5, 4, 4, 5, 5, 5, 6, 6, 4, 4, 6, 3, 3, 5, 4, 4, 5,\n", " 5, 4, 6, 5, 4, 4, 5, 6, 3, 7, 5, 5, 6, 3, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 6, 4,\n", " 6, 7, 6, 7, 3, 5, 6, 5, 6, 4, 5, 4, 4, 5, 8, 3, 4, 4, 4, 7, 5, 4,\n", " 2, 6, 7, 6, 5, 3, 3, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 4, 5, 7, 2, 3, 3, 2, 3, 6,\n", " 4, 2, 6, 5, 3, 4, 7, 6, 7, 6, 3, 4, 2, 2, 5, 6, 7, 8, 6, 2, 3, 2,\n", " 0, 5, 7, 5, 1, 4, 3, 2, 4, 6, 5, 4, 4, 1, 5, 5, 3, 1, 1, 4, 3, 2,\n", " 4, 2, 1, 3, 3, 4, 4, 5, 6, 5, 4, 5, 0, 4, 5, 4, 3, 3, 4, 4, 3, 5,\n", " 6, 5, 3, 5, 4, 4, 6, 3, 5, 5, 4, 5, 3, 5, 4, 6, 5, 7, 5, 6, 6, 4,\n", " 4, 5, 3, 5, 6, 5, 4, 3, 8, 2, 4, 4, 6, 8, 4, 3, 4, 3, 2, 5, 6, 6,\n", " 4, 3, 5, 7, 4, 2, 5, 5, 6, 3, 2, 4, 4, 6, 5, 6, 5, 7, 2, 4, 2, 1,\n", " 5, 3, 5, 3, 5, 2, 4, 9, 6, 4, 3, 4, 4, 6, 6, 7, 6, 6, 3, 4, 3, 6,\n", " 6, 3, 4, 4, 2, 4, 6, 7, 4, 5, 4, 5, 5, 6, 4, 6, 4, 6, 5, 5])
<xarray.Dataset>\n", "Dimensions: (alleles: 2, ploidy: 2, samples: 284, variants: 10879)\n", "Dimensions without coordinates: alleles, ploidy, samples, variants\n", "Data variables: (12/17)\n", " call_AD (variants, samples, alleles) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_DP (variants, samples) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " call_GQ (variants, samples) int32 dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype (variants, samples, ploidy) int8 dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype_mask (variants, samples, ploidy) bool dask.array<chunksize=(10000, 284, 2), meta=np.ndarray>\n", " call_genotype_phased (variants, samples) bool dask.array<chunksize=(10000, 284), meta=np.ndarray>\n", " ... ...\n", " variant_contig_name (variants) <U2 '1' '1' '1' '1' '1' ... 'X' 'X' 'X' 'X'\n", " Population (samples) object 'GBR' 'GBR' 'GBR' ... 'GIH' 'GIH'\n", " SuperPopulation (samples) object 'EUR' 'EUR' 'EUR' ... 'SAS' 'SAS'\n", " isFemale (samples) bool False True False ... False False True\n", " PurpleHair (samples) bool False False False ... False True True\n", " CaffeineConsumption (samples) int64 4 4 4 3 6 2 4 2 1 ... 5 6 4 6 4 6 5 5\n", "Attributes: (1)
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
array(['1', '1', '1', ..., 'X', 'X', 'X'], dtype='<U2')
array(['GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN', 'GBR',\n", " 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'PUR', 'CDX', 'CDX', 'PUR',\n", " 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM',\n", " 'GBR', 'CLM', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'IBS', 'PEL', 'IBS',\n", " 'IBS', 'IBS', 'IBS', 'IBS', 'GBR', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'CDX', 'CDX', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'ACB', 'PEL',\n", " 'PEL', 'PEL', 'PEL', 'ACB', 'KHV', 'ACB', 'KHV', 'KHV', 'KHV',\n", " 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'IBS', 'IBS', 'IBS',\n", " 'CDX', 'PEL', 'PEL', 'ACB', 'PEL', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'ACB', 'GWD', 'GWD', 'ACB',\n", " 'ACB', 'KHV', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'GWD', 'PJL', 'GWD', 'PJL',\n", " 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'PJL', 'GWD',\n", " 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'BEB', 'GWD',\n", " 'MSL', 'MSL', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL', 'PJL', 'GWD', 'GWD',\n", " 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'MSL', 'MSL',\n", " 'MSL', 'PJL', 'PJL', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'BEB', 'BEB', 'BEB',\n", " 'PJL', 'STU', 'STU', 'STU', 'ITU', 'STU', 'STU', 'BEB', 'BEB',\n", " 'BEB', 'STU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'STU', 'ITU', 'ITU',\n", " 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'ITU', 'STU', 'STU',\n", " 'ITU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU',\n", " 'CEU', 'CEU', 'YRI', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB',\n", " 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI',\n", " 'YRI', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT',\n", " 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'LWK',\n", " 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK',\n", " 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL',\n", " 'MXL', 'ASW', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'ASW', 'ASW',\n", " 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI',\n", " 'TSI', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH',\n", " 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH'], dtype=object)
array(['EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AMR', 'EAS', 'EAS', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'EUR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS'], dtype=object)
array([False, True, False, True, False, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, False, False, False, False,\n", " True, False, False, True, False, True, False, False, False,\n", " True, True, True, False, True, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, False, True, False, True, True,\n", " False, True, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, True, False,\n", " False, False, True, True, True, False, False, False, False,\n", " False, False, False, False, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, False, True, False,\n", " True, True, False, False, True, False, False, False, False,\n", " True, True, True, True, False, True, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, True,\n", " True, True, True, True, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, False, True, True, False, True,\n", " False, True, False, True, True, False, False, False, False,\n", " True, False, True, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, False, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, False, True, False,\n", " False, True, False, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, False, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, False, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, True, False, False, True, True, False, False, False,\n", " True, False, True, True, True, False, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, True])
array([False, False, False, False, False, True, True, False, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, False, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, False, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, False, False,\n", " False, False, True, False, True, True, True, False, True,\n", " False, True, False, False, False, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, False, True, False, False,\n", " False, False, False, True, True, False, False, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, True, True,\n", " True, True, True, True, False, False, False, True, False,\n", " True, True, False, False, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, True, True, True, True, True, True,\n", " False, True, False, False, False, True, True, False, False,\n", " True, True, True, True, True, False, False, True, True,\n", " False, False, False, False, False, True, False, False, False,\n", " False, True, False, False, False, False, False, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, False, True, True, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, True,\n", " False, True, True, False, True, True, False, False, True,\n", " False, True, True, True, False, False, False, False, False,\n", " False, True, False, False, False, True, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, False, True, False, True, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, False, False, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, False, True, False, False, True,\n", " True, True, False, True, True])
array([4, 4, 4, 3, 6, 2, 4, 2, 1, 2, 0, 5, 4, 5, 4, 3, 6, 5, 5, 7, 5, 5,\n", " 7, 5, 1, 5, 5, 5, 4, 4, 5, 5, 5, 6, 6, 4, 4, 6, 3, 3, 5, 4, 4, 5,\n", " 5, 4, 6, 5, 4, 4, 5, 6, 3, 7, 5, 5, 6, 3, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 6, 4,\n", " 6, 7, 6, 7, 3, 5, 6, 5, 6, 4, 5, 4, 4, 5, 8, 3, 4, 4, 4, 7, 5, 4,\n", " 2, 6, 7, 6, 5, 3, 3, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 4, 5, 7, 2, 3, 3, 2, 3, 6,\n", " 4, 2, 6, 5, 3, 4, 7, 6, 7, 6, 3, 4, 2, 2, 5, 6, 7, 8, 6, 2, 3, 2,\n", " 0, 5, 7, 5, 1, 4, 3, 2, 4, 6, 5, 4, 4, 1, 5, 5, 3, 1, 1, 4, 3, 2,\n", " 4, 2, 1, 3, 3, 4, 4, 5, 6, 5, 4, 5, 0, 4, 5, 4, 3, 3, 4, 4, 3, 5,\n", " 6, 5, 3, 5, 4, 4, 6, 3, 5, 5, 4, 5, 3, 5, 4, 6, 5, 7, 5, 6, 6, 4,\n", " 4, 5, 3, 5, 6, 5, 4, 3, 8, 2, 4, 4, 6, 8, 4, 3, 4, 3, 2, 5, 6, 6,\n", " 4, 3, 5, 7, 4, 2, 5, 5, 6, 3, 2, 4, 4, 6, 5, 6, 5, 7, 2, 4, 2, 1,\n", " 5, 3, 5, 3, 5, 2, 4, 9, 6, 4, 3, 4, 4, 6, 6, 7, 6, 6, 3, 4, 3, 6,\n", " 6, 3, 4, 4, 2, 4, 6, 7, 4, 5, 4, 5, 5, 6, 4, 6, 4, 6, 5, 5])
<xarray.Dataset>\n", "Dimensions: (alleles: 2, ploidy: 2, samples: 284, variants: 10879)\n", "Dimensions without coordinates: alleles, ploidy, samples, variants\n", "Data variables: (12/23)\n", " sample_n_called (samples) int64 dask.array<chunksize=(284,), meta=np.ndarray>\n", " sample_call_rate (samples) float64 dask.array<chunksize=(284,), meta=np.ndarray>\n", " sample_n_het (samples) int64 dask.array<chunksize=(284,), meta=np.ndarray>\n", " sample_n_hom_ref (samples) int64 dask.array<chunksize=(284,), meta=np.ndarray>\n", " sample_n_hom_alt (samples) int64 dask.array<chunksize=(284,), meta=np.ndarray>\n", " sample_n_non_ref (samples) int64 dask.array<chunksize=(284,), meta=np.ndarray>\n", " ... ...\n", " variant_contig_name (variants) <U2 '1' '1' '1' '1' '1' ... 'X' 'X' 'X' 'X'\n", " Population (samples) object 'GBR' 'GBR' 'GBR' ... 'GIH' 'GIH'\n", " SuperPopulation (samples) object 'EUR' 'EUR' 'EUR' ... 'SAS' 'SAS'\n", " isFemale (samples) bool False True False ... False False True\n", " PurpleHair (samples) bool False False False ... False True True\n", " CaffeineConsumption (samples) int64 4 4 4 3 6 2 4 2 1 ... 5 6 4 6 4 6 5 5\n", "Attributes: (1)
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
array(['1', '1', '1', ..., 'X', 'X', 'X'], dtype='<U2')
array(['GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN', 'GBR',\n", " 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'FIN', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'PUR', 'CDX', 'CDX', 'PUR',\n", " 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM',\n", " 'GBR', 'CLM', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'IBS', 'PEL', 'IBS',\n", " 'IBS', 'IBS', 'IBS', 'IBS', 'GBR', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'CDX', 'CDX', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'ACB', 'PEL',\n", " 'PEL', 'PEL', 'PEL', 'ACB', 'KHV', 'ACB', 'KHV', 'KHV', 'KHV',\n", " 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'IBS', 'IBS', 'IBS',\n", " 'CDX', 'PEL', 'PEL', 'ACB', 'PEL', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'ACB', 'GWD', 'GWD', 'ACB',\n", " 'ACB', 'KHV', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'GWD', 'PJL', 'GWD', 'PJL',\n", " 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'PJL', 'GWD',\n", " 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'BEB', 'GWD',\n", " 'MSL', 'MSL', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL', 'PJL', 'GWD', 'GWD',\n", " 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'MSL', 'MSL',\n", " 'MSL', 'PJL', 'PJL', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'BEB', 'BEB', 'BEB',\n", " 'PJL', 'STU', 'STU', 'STU', 'ITU', 'STU', 'STU', 'BEB', 'BEB',\n", " 'BEB', 'STU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'STU', 'ITU', 'ITU',\n", " 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'ITU', 'STU', 'STU',\n", " 'ITU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU',\n", " 'CEU', 'CEU', 'YRI', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB',\n", " 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI',\n", " 'YRI', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT',\n", " 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'LWK',\n", " 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK',\n", " 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL',\n", " 'MXL', 'ASW', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'ASW', 'ASW',\n", " 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI',\n", " 'TSI', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH',\n", " 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH'], dtype=object)
array(['EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AMR', 'EAS', 'EAS', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'EUR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS'], dtype=object)
array([False, True, False, True, False, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, False, False, False, False,\n", " True, False, False, True, False, True, False, False, False,\n", " True, True, True, False, True, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, False, True, False, True, True,\n", " False, True, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, True, False,\n", " False, False, True, True, True, False, False, False, False,\n", " False, False, False, False, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, False, True, False,\n", " True, True, False, False, True, False, False, False, False,\n", " True, True, True, True, False, True, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, True,\n", " True, True, True, True, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, False, True, True, False, True,\n", " False, True, False, True, True, False, False, False, False,\n", " True, False, True, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, False, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, False, True, False,\n", " False, True, False, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, False, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, False, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, True, False, False, True, True, False, False, False,\n", " True, False, True, True, True, False, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, True])
array([False, False, False, False, False, True, True, False, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, False, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, False, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, False, False,\n", " False, False, True, False, True, True, True, False, True,\n", " False, True, False, False, False, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, False, True, False, False,\n", " False, False, False, True, True, False, False, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, True, True,\n", " True, True, True, True, False, False, False, True, False,\n", " True, True, False, False, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, True, True, True, True, True, True,\n", " False, True, False, False, False, True, True, False, False,\n", " True, True, True, True, True, False, False, True, True,\n", " False, False, False, False, False, True, False, False, False,\n", " False, True, False, False, False, False, False, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, False, True, True, True, True,\n", " True, False, False, True, False, True, True, False, False,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, True,\n", " False, True, True, False, True, True, False, False, True,\n", " False, True, True, True, False, False, False, False, False,\n", " False, True, False, False, False, True, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, False, True, False, True, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, False, False, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, False, True, False, False, True,\n", " True, True, False, True, True])
array([4, 4, 4, 3, 6, 2, 4, 2, 1, 2, 0, 5, 4, 5, 4, 3, 6, 5, 5, 7, 5, 5,\n", " 7, 5, 1, 5, 5, 5, 4, 4, 5, 5, 5, 6, 6, 4, 4, 6, 3, 3, 5, 4, 4, 5,\n", " 5, 4, 6, 5, 4, 4, 5, 6, 3, 7, 5, 5, 6, 3, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 6, 4,\n", " 6, 7, 6, 7, 3, 5, 6, 5, 6, 4, 5, 4, 4, 5, 8, 3, 4, 4, 4, 7, 5, 4,\n", " 2, 6, 7, 6, 5, 3, 3, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 4, 5, 7, 2, 3, 3, 2, 3, 6,\n", " 4, 2, 6, 5, 3, 4, 7, 6, 7, 6, 3, 4, 2, 2, 5, 6, 7, 8, 6, 2, 3, 2,\n", " 0, 5, 7, 5, 1, 4, 3, 2, 4, 6, 5, 4, 4, 1, 5, 5, 3, 1, 1, 4, 3, 2,\n", " 4, 2, 1, 3, 3, 4, 4, 5, 6, 5, 4, 5, 0, 4, 5, 4, 3, 3, 4, 4, 3, 5,\n", " 6, 5, 3, 5, 4, 4, 6, 3, 5, 5, 4, 5, 3, 5, 4, 6, 5, 7, 5, 6, 6, 4,\n", " 4, 5, 3, 5, 6, 5, 4, 3, 8, 2, 4, 4, 6, 8, 4, 3, 4, 3, 2, 5, 6, 6,\n", " 4, 3, 5, 7, 4, 2, 5, 5, 6, 3, 2, 4, 4, 6, 5, 6, 5, 7, 2, 4, 2, 1,\n", " 5, 3, 5, 3, 5, 2, 4, 9, 6, 4, 3, 4, 4, 6, 6, 7, 6, 6, 3, 4, 3, 6,\n", " 6, 3, 4, 4, 2, 4, 6, 7, 4, 5, 4, 5, 5, 6, 4, 6, 4, 6, 5, 5])
<xarray.Dataset>\n", "Dimensions: (alleles: 2, ploidy: 2, samples: 250, variants: 10879)\n", "Dimensions without coordinates: alleles, ploidy, samples, variants\n", "Data variables: (12/33)\n", " variant_n_called (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_call_rate (variants) float64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_het (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_hom_ref (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_hom_alt (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_non_ref (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " ... ...\n", " Population (samples) object 'GBR' 'GBR' 'GBR' ... 'GIH' 'GIH'\n", " SuperPopulation (samples) object 'EUR' 'EUR' 'EUR' ... 'SAS' 'SAS'\n", " isFemale (samples) bool False True False ... False True\n", " PurpleHair (samples) bool False False False ... True True\n", " CaffeineConsumption (samples) int64 4 4 4 3 6 2 2 5 ... 6 4 6 4 6 5 5\n", " sample_dp_mean (samples) float64 dask.array<chunksize=(250,), meta=np.ndarray>\n", "Attributes: (1)
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
array(['1', '1', '1', ..., 'X', 'X', 'X'], dtype='<U2')
array(['GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN',\n", " 'FIN', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'PUR', 'CDX', 'PUR', 'PUR', 'PUR',\n", " 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'GBR', 'CLM',\n", " 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'IBS', 'PEL', 'IBS', 'IBS', 'IBS',\n", " 'IBS', 'IBS', 'GBR', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'ACB', 'PEL', 'PEL', 'PEL',\n", " 'PEL', 'ACB', 'KHV', 'ACB', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'IBS', 'IBS', 'CDX', 'PEL', 'PEL', 'PEL',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'ACB', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'KHV', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'GWD',\n", " 'PJL', 'GWD', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'GWD', 'GWD',\n", " 'GWD', 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN',\n", " 'ESN', 'BEB', 'GWD', 'MSL', 'MSL', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL',\n", " 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL',\n", " 'MSL', 'MSL', 'MSL', 'PJL', 'PJL', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'BEB',\n", " 'BEB', 'BEB', 'PJL', 'STU', 'STU', 'STU', 'ITU', 'STU', 'STU',\n", " 'BEB', 'BEB', 'BEB', 'STU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'STU',\n", " 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'ITU', 'STU',\n", " 'STU', 'ITU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU',\n", " 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'YRI', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB',\n", " 'CHB', 'CHB', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT',\n", " 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'YRI', 'YRI', 'YRI',\n", " 'YRI', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK',\n", " 'LWK', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'ASW', 'MXL', 'MXL',\n", " 'MXL', 'ASW', 'ASW', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI',\n", " 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH',\n", " 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH'], dtype=object)
array(['EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AMR', 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'SAS', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'AFR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS'], dtype=object)
array([False, True, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, False, False, False, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, True, False,\n", " False, True, False, True, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, False, True, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, True, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, False, True,\n", " True, True, True, True, False, False, False, True, True,\n", " False, False, False, False, False, False, False, False, False,\n", " True, True, False, True, False, False, True, True, True,\n", " False, True, False, True, True, False, False, True, False,\n", " False, False, False, True, True, True, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, True, False, False, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, False, True,\n", " True, False, True, False, True, True, False, True, True,\n", " False, True, False, True, False, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, True, True, False, True, True,\n", " True, True, True, False, True, False, True, True, False,\n", " False, False, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, False, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, False, False, True, True,\n", " True, False, False, False, False, True, False, False, True,\n", " True, True, False, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, True, False, True, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, False, False, True, True, True, True,\n", " True, False, False, False, False, False, True])
array([False, False, False, False, False, True, False, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, False, False, False,\n", " True, False, True, True, True, False, True, False, True,\n", " False, False, False, False, True, False, False, True, False,\n", " False, True, True, False, True, False, False, False, False,\n", " False, True, True, False, False, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, True, False, True, True, False, False, False,\n", " False, True, False, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, True, False, False, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, True, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, False, False, False, True, False, False, False, False,\n", " False, False, False, False, True, False, False, True, True,\n", " True, False, True, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, False, False, False, False, False, True, True,\n", " True, True, False, False, True, False, True, True, False,\n", " False, True, False, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, True, True, True,\n", " False, True, False, False, False, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, True, False, False, False, True,\n", " False, False, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, False,\n", " True, False, True, True, False, False, False, False, True,\n", " True, True, True, True, True, False, False, True, False,\n", " False, True, True, True, False, True, True])
array([4, 4, 4, 3, 6, 2, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 7, 5, 7, 1, 5, 5, 4, 4, 5, 5,\n", " 5, 6, 4, 4, 6, 3, 3, 5, 4, 4, 5, 5, 4, 6, 5, 4, 4, 5, 6, 3, 7, 5,\n", " 5, 6, 3, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 6, 4, 6, 7, 6, 7, 3, 5, 6, 5, 6, 4, 5,\n", " 4, 4, 5, 8, 3, 4, 4, 7, 5, 2, 6, 7, 6, 5, 3, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 4,\n", " 5, 7, 2, 3, 3, 2, 6, 4, 2, 6, 5, 3, 4, 7, 6, 7, 6, 3, 4, 2, 2, 5,\n", " 6, 7, 8, 6, 2, 3, 2, 0, 5, 7, 5, 1, 4, 3, 2, 4, 6, 5, 4, 4, 1, 5,\n", " 5, 3, 1, 1, 3, 2, 4, 2, 1, 3, 3, 4, 4, 5, 6, 5, 4, 5, 0, 4, 5, 4,\n", " 3, 3, 4, 4, 3, 5, 6, 5, 3, 4, 4, 6, 3, 5, 5, 4, 5, 3, 5, 4, 6, 5,\n", " 7, 5, 6, 6, 4, 4, 5, 3, 5, 4, 3, 8, 4, 6, 8, 3, 4, 2, 5, 6, 6, 4,\n", " 3, 5, 7, 4, 5, 5, 6, 3, 2, 4, 5, 6, 7, 2, 4, 2, 1, 5, 3, 4, 9, 6,\n", " 4, 3, 4, 4, 6, 7, 6, 3, 4, 3, 6, 6, 3, 4, 4, 4, 6, 7, 4, 5, 4, 5,\n", " 5, 6, 4, 6, 4, 6, 5, 5])
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
<xarray.Dataset>\n", "Dimensions: (alleles: 2, ploidy: 2, samples: 250, variants: 10879)\n", "Dimensions without coordinates: alleles, ploidy, samples, variants\n", "Data variables: (12/34)\n", " variant_hwe_p_value (variants) float64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_het (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_hom_ref (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_hom_alt (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_non_ref (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_called (variants) int64 dask.array<chunksize=(10000,), meta=np.ndarray>\n", " ... ...\n", " Population (samples) object 'GBR' 'GBR' 'GBR' ... 'GIH' 'GIH'\n", " SuperPopulation (samples) object 'EUR' 'EUR' 'EUR' ... 'SAS' 'SAS'\n", " isFemale (samples) bool False True False ... False True\n", " PurpleHair (samples) bool False False False ... True True\n", " CaffeineConsumption (samples) int64 4 4 4 3 6 2 2 5 ... 6 4 6 4 6 5 5\n", " sample_dp_mean (samples) float64 dask.array<chunksize=(250,), meta=np.ndarray>\n", "Attributes: (1)
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
array(['1', '1', '1', ..., 'X', 'X', 'X'], dtype='<U2')
array(['GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN',\n", " 'FIN', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'PUR', 'CDX', 'PUR', 'PUR', 'PUR',\n", " 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'GBR', 'CLM',\n", " 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'IBS', 'PEL', 'IBS', 'IBS', 'IBS',\n", " 'IBS', 'IBS', 'GBR', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'ACB', 'PEL', 'PEL', 'PEL',\n", " 'PEL', 'ACB', 'KHV', 'ACB', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'IBS', 'IBS', 'CDX', 'PEL', 'PEL', 'PEL',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'ACB', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'KHV', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'GWD',\n", " 'PJL', 'GWD', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'GWD', 'GWD',\n", " 'GWD', 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN',\n", " 'ESN', 'BEB', 'GWD', 'MSL', 'MSL', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL',\n", " 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL',\n", " 'MSL', 'MSL', 'MSL', 'PJL', 'PJL', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'BEB',\n", " 'BEB', 'BEB', 'PJL', 'STU', 'STU', 'STU', 'ITU', 'STU', 'STU',\n", " 'BEB', 'BEB', 'BEB', 'STU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'STU',\n", " 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'ITU', 'STU',\n", " 'STU', 'ITU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU',\n", " 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'YRI', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB',\n", " 'CHB', 'CHB', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT',\n", " 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'YRI', 'YRI', 'YRI',\n", " 'YRI', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK',\n", " 'LWK', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'ASW', 'MXL', 'MXL',\n", " 'MXL', 'ASW', 'ASW', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI',\n", " 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH',\n", " 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH'], dtype=object)
array(['EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AMR', 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'SAS', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'AFR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS'], dtype=object)
array([False, True, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, False, False, False, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, True, False,\n", " False, True, False, True, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, False, True, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, True, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, False, True,\n", " True, True, True, True, False, False, False, True, True,\n", " False, False, False, False, False, False, False, False, False,\n", " True, True, False, True, False, False, True, True, True,\n", " False, True, False, True, True, False, False, True, False,\n", " False, False, False, True, True, True, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, True, False, False, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, False, True,\n", " True, False, True, False, True, True, False, True, True,\n", " False, True, False, True, False, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, True, True, False, True, True,\n", " True, True, True, False, True, False, True, True, False,\n", " False, False, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, False, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, False, False, True, True,\n", " True, False, False, False, False, True, False, False, True,\n", " True, True, False, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, True, False, True, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, False, False, True, True, True, True,\n", " True, False, False, False, False, False, True])
array([False, False, False, False, False, True, False, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, False, False, False,\n", " True, False, True, True, True, False, True, False, True,\n", " False, False, False, False, True, False, False, True, False,\n", " False, True, True, False, True, False, False, False, False,\n", " False, True, True, False, False, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, True, False, True, True, False, False, False,\n", " False, True, False, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, True, False, False, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, True, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, False, False, False, True, False, False, False, False,\n", " False, False, False, False, True, False, False, True, True,\n", " True, False, True, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, False, False, False, False, False, True, True,\n", " True, True, False, False, True, False, True, True, False,\n", " False, True, False, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, True, True, True,\n", " False, True, False, False, False, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, True, False, False, False, True,\n", " False, False, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, False,\n", " True, False, True, True, False, False, False, False, True,\n", " True, True, True, True, True, False, False, True, False,\n", " False, True, True, True, False, True, True])
array([4, 4, 4, 3, 6, 2, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 7, 5, 7, 1, 5, 5, 4, 4, 5, 5,\n", " 5, 6, 4, 4, 6, 3, 3, 5, 4, 4, 5, 5, 4, 6, 5, 4, 4, 5, 6, 3, 7, 5,\n", " 5, 6, 3, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 6, 4, 6, 7, 6, 7, 3, 5, 6, 5, 6, 4, 5,\n", " 4, 4, 5, 8, 3, 4, 4, 7, 5, 2, 6, 7, 6, 5, 3, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 4,\n", " 5, 7, 2, 3, 3, 2, 6, 4, 2, 6, 5, 3, 4, 7, 6, 7, 6, 3, 4, 2, 2, 5,\n", " 6, 7, 8, 6, 2, 3, 2, 0, 5, 7, 5, 1, 4, 3, 2, 4, 6, 5, 4, 4, 1, 5,\n", " 5, 3, 1, 1, 3, 2, 4, 2, 1, 3, 3, 4, 4, 5, 6, 5, 4, 5, 0, 4, 5, 4,\n", " 3, 3, 4, 4, 3, 5, 6, 5, 3, 4, 4, 6, 3, 5, 5, 4, 5, 3, 5, 4, 6, 5,\n", " 7, 5, 6, 6, 4, 4, 5, 3, 5, 4, 3, 8, 4, 6, 8, 3, 4, 2, 5, 6, 6, 4,\n", " 3, 5, 7, 4, 5, 5, 6, 3, 2, 4, 5, 6, 7, 2, 4, 2, 1, 5, 3, 4, 9, 6,\n", " 4, 3, 4, 4, 6, 7, 6, 3, 4, 3, 6, 6, 3, 4, 4, 4, 6, 7, 4, 5, 4, 5,\n", " 5, 6, 4, 6, 4, 6, 5, 5])
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
<xarray.Dataset>\n", "Dimensions: (alleles: 2, ploidy: 2, samples: 250, traits: 1, variants: 8394)\n", "Dimensions without coordinates: alleles, ploidy, samples, traits, variants\n", "Data variables: (12/38)\n", " variant_linreg_beta (variants, traits) float64 dask.array<chunksize=(7918, 1), meta=np.ndarray>\n", " variant_linreg_t_value (variants, traits) float64 dask.array<chunksize=(7918, 1), meta=np.ndarray>\n", " variant_linreg_p_value (variants, traits) float64 dask.array<chunksize=(7918, 1), meta=np.ndarray>\n", " variant_hwe_p_value (variants) float64 dask.array<chunksize=(7918,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_het (variants) int64 dask.array<chunksize=(7918,), meta=np.ndarray>\n", " variant_n_hom_ref (variants) int64 dask.array<chunksize=(7918,), meta=np.ndarray>\n", " ... ...\n", " SuperPopulation (samples) object 'EUR' 'EUR' 'EUR' ... 'SAS' 'SAS'\n", " isFemale (samples) bool False True False ... False True\n", " PurpleHair (samples) bool False False False ... True True\n", " CaffeineConsumption (samples) int64 4 4 4 3 6 2 2 5 ... 6 4 6 4 6 5 5\n", " sample_dp_mean (samples) float64 dask.array<chunksize=(250,), meta=np.ndarray>\n", " call_dosage (variants, samples) int64 dask.array<chunksize=(7918, 250), meta=np.ndarray>\n", "Attributes: (1)
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
array(['1', '1', '1', ..., 'X', 'X', 'X'], dtype='<U2')
array(['GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN',\n", " 'FIN', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'PUR', 'CDX', 'PUR', 'PUR', 'PUR',\n", " 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'GBR', 'CLM',\n", " 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'IBS', 'PEL', 'IBS', 'IBS', 'IBS',\n", " 'IBS', 'IBS', 'GBR', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'ACB', 'PEL', 'PEL', 'PEL',\n", " 'PEL', 'ACB', 'KHV', 'ACB', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'IBS', 'IBS', 'CDX', 'PEL', 'PEL', 'PEL',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'ACB', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'KHV', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'GWD',\n", " 'PJL', 'GWD', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'GWD', 'GWD',\n", " 'GWD', 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN',\n", " 'ESN', 'BEB', 'GWD', 'MSL', 'MSL', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL',\n", " 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL',\n", " 'MSL', 'MSL', 'MSL', 'PJL', 'PJL', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'BEB',\n", " 'BEB', 'BEB', 'PJL', 'STU', 'STU', 'STU', 'ITU', 'STU', 'STU',\n", " 'BEB', 'BEB', 'BEB', 'STU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'STU',\n", " 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'ITU', 'STU',\n", " 'STU', 'ITU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU',\n", " 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'YRI', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB',\n", " 'CHB', 'CHB', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT',\n", " 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'YRI', 'YRI', 'YRI',\n", " 'YRI', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK',\n", " 'LWK', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'ASW', 'MXL', 'MXL',\n", " 'MXL', 'ASW', 'ASW', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI',\n", " 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH',\n", " 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH'], dtype=object)
array(['EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AMR', 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'SAS', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'AFR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS'], dtype=object)
array([False, True, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, False, False, False, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, True, False,\n", " False, True, False, True, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, False, True, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, True, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, False, True,\n", " True, True, True, True, False, False, False, True, True,\n", " False, False, False, False, False, False, False, False, False,\n", " True, True, False, True, False, False, True, True, True,\n", " False, True, False, True, True, False, False, True, False,\n", " False, False, False, True, True, True, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, True, False, False, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, False, True,\n", " True, False, True, False, True, True, False, True, True,\n", " False, True, False, True, False, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, True, True, False, True, True,\n", " True, True, True, False, True, False, True, True, False,\n", " False, False, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, False, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, False, False, True, True,\n", " True, False, False, False, False, True, False, False, True,\n", " True, True, False, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, True, False, True, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, False, False, True, True, True, True,\n", " True, False, False, False, False, False, True])
array([False, False, False, False, False, True, False, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, False, False, False,\n", " True, False, True, True, True, False, True, False, True,\n", " False, False, False, False, True, False, False, True, False,\n", " False, True, True, False, True, False, False, False, False,\n", " False, True, True, False, False, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, True, False, True, True, False, False, False,\n", " False, True, False, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, True, False, False, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, True, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, False, False, False, True, False, False, False, False,\n", " False, False, False, False, True, False, False, True, True,\n", " True, False, True, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, False, False, False, False, False, True, True,\n", " True, True, False, False, True, False, True, True, False,\n", " False, True, False, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, True, True, True,\n", " False, True, False, False, False, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, True, False, False, False, True,\n", " False, False, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, False,\n", " True, False, True, True, False, False, False, False, True,\n", " True, True, True, True, True, False, False, True, False,\n", " False, True, True, True, False, True, True])
array([4, 4, 4, 3, 6, 2, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 7, 5, 7, 1, 5, 5, 4, 4, 5, 5,\n", " 5, 6, 4, 4, 6, 3, 3, 5, 4, 4, 5, 5, 4, 6, 5, 4, 4, 5, 6, 3, 7, 5,\n", " 5, 6, 3, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 6, 4, 6, 7, 6, 7, 3, 5, 6, 5, 6, 4, 5,\n", " 4, 4, 5, 8, 3, 4, 4, 7, 5, 2, 6, 7, 6, 5, 3, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 4,\n", " 5, 7, 2, 3, 3, 2, 6, 4, 2, 6, 5, 3, 4, 7, 6, 7, 6, 3, 4, 2, 2, 5,\n", " 6, 7, 8, 6, 2, 3, 2, 0, 5, 7, 5, 1, 4, 3, 2, 4, 6, 5, 4, 4, 1, 5,\n", " 5, 3, 1, 1, 3, 2, 4, 2, 1, 3, 3, 4, 4, 5, 6, 5, 4, 5, 0, 4, 5, 4,\n", " 3, 3, 4, 4, 3, 5, 6, 5, 3, 4, 4, 6, 3, 5, 5, 4, 5, 3, 5, 4, 6, 5,\n", " 7, 5, 6, 6, 4, 4, 5, 3, 5, 4, 3, 8, 4, 6, 8, 3, 4, 2, 5, 6, 6, 4,\n", " 3, 5, 7, 4, 5, 5, 6, 3, 2, 4, 5, 6, 7, 2, 4, 2, 1, 5, 3, 4, 9, 6,\n", " 4, 3, 4, 4, 6, 7, 6, 3, 4, 3, 6, 6, 3, 4, 4, 4, 6, 7, 4, 5, 4, 5,\n", " 5, 6, 4, 6, 4, 6, 5, 5])
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
<xarray.Dataset>\n", "Dimensions: (alleles: 2, components: 10, ploidy: 2, samples: 250, variants: 3491)\n", "Dimensions without coordinates: alleles, components, ploidy, samples, variants\n", "Data variables: (12/41)\n", " sample_pca_projection (samples, components) float32 dask.array<chunksize=(250, 10), meta=np.ndarray>\n", " sample_pca_component (variants, components) float32 dask.array<chunksize=(3325, 10), meta=np.ndarray>\n", " sample_pca_explained_variance (components) float32 dask.array<chunksize=(10,), meta=np.ndarray>\n", " sample_pca_explained_variance_ratio (components) float32 dask.array<chunksize=(10,), meta=np.ndarray>\n", " sample_pca_loading (variants, components) float32 dask.array<chunksize=(3325, 10), meta=np.ndarray>\n", " call_alternate_allele_count (variants, samples) int16 dask.array<chunksize=(3325, 250), meta=np.ndarray>\n", " ... ...\n", " SuperPopulation (samples) object 'EUR' 'EUR' ... 'SAS'\n", " isFemale (samples) bool False True ... True\n", " PurpleHair (samples) bool False False ... True\n", " CaffeineConsumption (samples) int64 4 4 4 3 6 ... 6 4 6 5 5\n", " sample_dp_mean (samples) float64 dask.array<chunksize=(250,), meta=np.ndarray>\n", " call_dosage (variants, samples) int64 dask.array<chunksize=(3325, 250), meta=np.ndarray>\n", "Attributes: (1)
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
array(['1', '1', '1', ..., '22', '22', 'X'], dtype='<U2')
array(['GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'GBR', 'FIN', 'FIN',\n", " 'FIN', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS',\n", " 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'CHS', 'PUR', 'CDX', 'PUR', 'PUR', 'PUR',\n", " 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'GBR', 'CLM',\n", " 'PUR', 'CLM', 'CLM', 'CLM', 'IBS', 'PEL', 'IBS', 'IBS', 'IBS',\n", " 'IBS', 'IBS', 'GBR', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'ACB', 'PEL', 'PEL', 'PEL',\n", " 'PEL', 'ACB', 'KHV', 'ACB', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV', 'KHV',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'IBS', 'IBS', 'CDX', 'PEL', 'PEL', 'PEL',\n", " 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX', 'CDX',\n", " 'ACB', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'KHV', 'GWD', 'GWD', 'ACB', 'GWD',\n", " 'PJL', 'GWD', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'PJL', 'GWD', 'GWD',\n", " 'GWD', 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN',\n", " 'ESN', 'BEB', 'GWD', 'MSL', 'MSL', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL',\n", " 'PJL', 'GWD', 'GWD', 'GWD', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'ESN', 'MSL',\n", " 'MSL', 'MSL', 'MSL', 'PJL', 'PJL', 'ESN', 'MSL', 'MSL', 'BEB',\n", " 'BEB', 'BEB', 'PJL', 'STU', 'STU', 'STU', 'ITU', 'STU', 'STU',\n", " 'BEB', 'BEB', 'BEB', 'STU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'STU',\n", " 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'ITU', 'STU', 'BEB', 'BEB', 'ITU', 'STU',\n", " 'STU', 'ITU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'CEU',\n", " 'CEU', 'CEU', 'CEU', 'YRI', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB', 'CHB',\n", " 'CHB', 'CHB', 'YRI', 'YRI', 'YRI', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT',\n", " 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'JPT', 'YRI', 'YRI', 'YRI',\n", " 'YRI', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK', 'LWK',\n", " 'LWK', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'MXL', 'ASW', 'MXL', 'MXL',\n", " 'MXL', 'ASW', 'ASW', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'TSI',\n", " 'TSI', 'TSI', 'TSI', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH',\n", " 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH', 'GIH'], dtype=object)
array(['EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AMR', 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'EUR', 'AMR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EUR', 'EUR', 'EAS', 'AMR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'SAS', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS', 'SAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS',\n", " 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'EAS', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR', 'AFR',\n", " 'AFR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AMR', 'AFR', 'AMR', 'AMR',\n", " 'AMR', 'AFR', 'AFR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'EUR',\n", " 'EUR', 'EUR', 'EUR', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS',\n", " 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS', 'SAS'], dtype=object)
array([False, True, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, False, False, False, True,\n", " True, True, False, True, True, False, True, True, False,\n", " False, True, False, True, False, True, True, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, False, True, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, True, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, False, False, True,\n", " True, True, True, True, False, False, False, True, True,\n", " False, False, False, False, False, False, False, False, False,\n", " True, True, False, True, False, False, True, True, True,\n", " False, True, False, True, True, False, False, True, False,\n", " False, False, False, True, True, True, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, True, False, False, False,\n", " False, True, True, True, True, True, True, False, True,\n", " True, False, True, False, True, True, False, True, True,\n", " False, True, False, True, False, True, True, False, False,\n", " False, False, True, False, True, True, False, True, True,\n", " True, True, True, False, True, False, True, True, False,\n", " False, False, False, True, False, False, True, False, True,\n", " False, False, True, False, True, False, True, True, False,\n", " True, False, False, True, True, False, False, True, True,\n", " True, False, False, False, False, True, False, False, True,\n", " True, True, False, True, False, True, False, True, True,\n", " True, False, True, False, True, False, True, False, False,\n", " True, False, False, True, False, True, True, True, False,\n", " True, False, True, False, False, True, True, True, True,\n", " True, False, False, False, False, False, True])
array([False, False, False, False, False, True, False, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, False, False, False,\n", " True, False, True, True, True, False, True, False, True,\n", " False, False, False, False, True, False, False, True, False,\n", " False, True, True, False, True, False, False, False, False,\n", " False, True, True, False, False, True, True, True, False,\n", " False, True, False, True, True, True, True, True, True,\n", " True, True, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, False, True, False, True, True, False, False, False,\n", " False, True, False, True, False, True, True, True, True,\n", " True, True, True, False, True, False, False, False, True,\n", " True, False, False, True, True, True, True, True, False,\n", " False, True, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, False, False, False, True, False, False, False, False,\n", " False, False, False, False, True, False, False, True, True,\n", " True, False, True, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, False, False, False, False, False, True, True,\n", " True, True, False, False, True, False, True, True, False,\n", " False, True, False, False, True, True, True, True, True,\n", " True, False, True, True, False, False, True, True, True,\n", " False, True, False, False, False, True, True, True, False,\n", " False, False, False, False, True, False, False, False, True,\n", " False, False, True, False, False, False, False, False, True,\n", " False, True, True, False, False, False, False, True, False,\n", " True, False, True, True, False, False, False, False, True,\n", " True, True, True, True, True, False, False, True, False,\n", " False, True, True, True, False, True, True])
array([4, 4, 4, 3, 6, 2, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 7, 5, 7, 1, 5, 5, 4, 4, 5, 5,\n", " 5, 6, 4, 4, 6, 3, 3, 5, 4, 4, 5, 5, 4, 6, 5, 4, 4, 5, 6, 3, 7, 5,\n", " 5, 6, 3, 2, 5, 5, 4, 6, 5, 6, 4, 6, 7, 6, 7, 3, 5, 6, 5, 6, 4, 5,\n", " 4, 4, 5, 8, 3, 4, 4, 7, 5, 2, 6, 7, 6, 5, 3, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 4,\n", " 5, 7, 2, 3, 3, 2, 6, 4, 2, 6, 5, 3, 4, 7, 6, 7, 6, 3, 4, 2, 2, 5,\n", " 6, 7, 8, 6, 2, 3, 2, 0, 5, 7, 5, 1, 4, 3, 2, 4, 6, 5, 4, 4, 1, 5,\n", " 5, 3, 1, 1, 3, 2, 4, 2, 1, 3, 3, 4, 4, 5, 6, 5, 4, 5, 0, 4, 5, 4,\n", " 3, 3, 4, 4, 3, 5, 6, 5, 3, 4, 4, 6, 3, 5, 5, 4, 5, 3, 5, 4, 6, 5,\n", " 7, 5, 6, 6, 4, 4, 5, 3, 5, 4, 3, 8, 4, 6, 8, 3, 4, 2, 5, 6, 6, 4,\n", " 3, 5, 7, 4, 5, 5, 6, 3, 2, 4, 5, 6, 7, 2, 4, 2, 1, 5, 3, 4, 9, 6,\n", " 4, 3, 4, 4, 6, 7, 6, 3, 4, 3, 6, 6, 3, 4, 4, 4, 6, 7, 4, 5, 4, 5,\n", " 5, 6, 4, 6, 4, 6, 5, 5])
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "
\n",
"
| \n",
"\n", "\n", " | \n", "